La humildad y obediencia
San Francisco dio a su orden el nombre de "Frailes Menores" por humildad, pues quería que sus hermanos fuesen los siervos de todos y buscasen siempre los sitios más humildes. Con frecuencia exhortaba a sus compañeros al trabajo manual y, si bien les permitía pedir limosna, les tenía prohibido que aceptasen dinero. Pedir limosna no constituía para él una vergüenza, ya que era una manera de imitar la pobreza de Cristo. El santo no permitía que sus hermanos predicasen en una diócesis sin permiso expreso del obispo. Entre otras cosas, dispuso que "si alguno de los frailes se apartaba de la fe católica en obras o palabras y no se corregía, debería ser expulsado de la hermandad". Todas las ciudades querían tener el privilegio de albergar a los nuevos frailes, y las comunidades se multiplicaron en Umbría, Toscana, Lombardia y Ancona.
Crece la orden
Se cuenta que en 1216, Francisco solicitó del Papa Honorio III la indulgencia de la Porciúncula o "perdón de Asís". El año siguiente, conoció en Roma a Santo Domingo, quien había predicado la fe y la penitencia en el sur de Francia en la época en que Francisco era "un gentilhombre de Asís". San Francisco tenía también la intención de ir a predicar en Francia. Pero, como el cardenal Ugolino (quien fue más tarde Papa con el nombre de Gregorio IX) le disuadiese de ello, envió en su lugar a los hermanos Pacífico y Agnelo. Este último había de introducir más tarde la orden de los frailes menores en Inglaterra. El sabio y bondadoso cardenal Ugolino ejerció una gran influencia en el desarrollo de la orden. Los compañeros de San Francisco eran ya tan numerosos, que se imponía forzosamente cierta forma de organización sistemática y de disciplina común. Así pues, se procedió a dividir a la orden en provincias, al frente de cada una de las cuales se puso a un ministro, "encargado del bien espiritual de los hermanos; si alguno de ellos llegaba a perderse por el mal ejemplo del ministro, éste tendría que responder de él ante Jesucristo." Los frailes habían cruzado ya los Alpes y tenían misiones en España, Alemania y Hungría.
El primer capítulo general se reunió, en la Porciúncula, en Pentecostés del año de 1217. En 1219, tuvo lugar el capítulo "de las esteras", así llamado por las cabañas que debieron construirse precipitadamente con esteras para albergar a los delegados. Se cuenta que se reunieron entonces cinco mil frailes. Nada tiene de extraño que en una comunidad tan numerosa, el espíritu del fundador se hubiese diluido un tanto. Los delegados encontraban que San Francisco se entregaba excesivamente a la aventura y exigían un espíritu más práctico. Es que así les parecía lo que en realidad era una gran confianza en Dios. El santo se indignó profundamente y replicó: "Hermanos míos, el Señor me llamó por el camino de la sencillez y la humildad y por ese camino persiste en conducirme, no sólo a mí sino a todos los que estén dispuestos a seguirme ... El Señor me dijo que deberíamos ser pobres y locos en este mundo y que ése y no otro sería el camino por el que nos llevaría. Quiera Dios confundir vuestra sabiduría y vuestra ciencia y haceros volver a vuestra primitiva vocación, aunque sea contra vuestra voluntad y aunque la encontréis tan defectuosa."
Francisco les insistía en que amaran muchísimo a Jesucristo y a la Santa Iglesia Católica, y que vivieran con el mayor desprendimiento posible hacia los bienes materiales, y no se cansaba de recomendarles que cumplieran lo mas exactamente posible todo lo que manda el Santo Evangelio
El mayor privilegio: no gozar de privilegio alguno
Recorría campos y pueblos invitando a la gente a amar más a Jesucristo, y repetía siempre: El Amor no es amado". Las gentes le escuchaban con especial cariño y se admiraban de lo mucho que sus palabras influían en los corazones para entusiasmarlos por Cristo y su Verdad.
A quienes le propusieron que pidiese al Papa permiso para que los frailes pudiesen predicar en todas partes sin autorización del obispo, Francisco repuso: "Cuando los obispos vean que vivís santamente y que no tenéis intenciones de atentar contra su autoridad, serán los primeros en rogaros que trabajéis por el bien de las almas que les han sido confiadas. Considerad como el mayor de los privilegios el no gozar de privilegio alguno. . ." Al terminar el capítulo, San Francisco envió a algunos frailes a la primera misión entre los infieles de Túnez y Marruecos y se reservó para sí la misión entre los sarracenos de Egipto y Siria. En 1215, durante el Concilio de Letrán, el Papa Inocencio III había predicado una nueva cruzada, pero tal cruzada se había reducido simplemente a reforzar el Reino Latino de oriente. Francisco quería blandir la espada de Dios.
San Francisco, se fue a Tierra Santa a visitar en devota peregrinación los Santos Lugares donde Jesús nació, vivió y murió: Belén, Nazaret, Jerusalén, etc. En recuerdo de esta piadosa visita suya, los franciscanos están encargados desde hace siglos de custodiar los Santos Lugares de Tierra Santa.