me responderé a mí mismo la pregunta (claro, después de averigüar)
Sí se puede.
Lo importante es encrustar los subtítulos a los videos antes de cambiarle el formato y fusionarlos.
En mi caso, los incrusté utilizando el format factory (que es gratuito)
luego, utilizando también el format factory, los fusioné (muy importante: fusionarlos de dos en dos, no los tres a la vez)
luego, convertirlos a dvd usando el dvd flick (que es tambien gratuito)
luego lo copias a un disco dvd
y listo, ya tengo el vcideo que quería con los subtítulos, sin tener que editar los subtítulos otra vez para sincronizarlos.
espero que le sirva de ayuda a quien pase por la misma experiencia u otra experiencia parecida.