Esta es una de las Iglesias más antiguas de Lima; y es considerado desde 1940 como monumento nacional, debido al valor artístico, arquitectónico, social y religioso que posee. Está ubicada en la cuadra 11 del Jr. San Martín, en Magdalena Vieja, y fue erigida en terrenos donados a los franciscanos por el cacique Taulichusco, en retribución a la labor de los sacerdotes en el cuidado y cristianización de los indios que vivían en la zona. Junto a la iglesia los padres edificaron un pequeño convento, conservado también hasta nuestros días.
El terreno, figuró en posesión de los franciscanos desde el 14 de agosto de 1557, hasta el 02 de diciembre de 1758, cuando se la entregaron al Arzobispado de Lima, según consta en el inventario verificado ese mismo día por el nuevo Párroco, don José Jacinto Alcedo.
Por encargo del Arzobispado de Lima, la Iglesia está a cargo de los Agustinos Recoletos, quienes inauguraron la casa parroquial el 19 de marzo de 1957.
Las pequeñas dimensiones de esta iglesia indican el escaso número de habitantes que siempre tuvo este pueblo de Magdalena en tiempos pasados. Todavía en el censo del año 1813 arroja una población urbana de 174 habitantes con un total por toda la jurisdicción parroquial de 829.

La Iglesia de Santa María Magdalena, es una de las más bellas de Lima y uno de los ejemplos más típicos de arquitectura religiosa en su pequeña y grácil escala. 
Esta ubicada en el Distrito de Magdalena Vieja, hoy Pueblo Libre a pocos pasos de la plaza, de Armas, sobre la calle San Martín, al lado derecho del famoso “Bar Queirolo” que dicho sea de paso ningún magdalenense debe dejar de conocer.
Pertenece a la orden de los Franciscanos y su antigua arquitectura fue construida en 1557, la misma que ha sufrido cambios debido a los terremotos que han asolado Lima.

Hoy nos muestra un estilo barroco que encierra el modelo característico de las iglesias limeñas, su interior sorprende por la extraordinaria riqueza arquitectónica de sus altares y púlpitos de mediados del siglo XVII. Estos son de lujoso estilo churrigueresco, preciosamente tallados en cedro y dorados con pan de oro.