A partir de ser nombrado Alfonso Guerra vicepresidente del Gobierno por Felipe González se le acusó de beneficiar a su familia directamente. Su hermano Adolfo fue nombrado director de Mercasevilla, Antonio, que recorría España abriendo gasolineras o comprando solares con la tarjeta de presentación de "hermano de Alfonso" y Juan Guerra, era un desempleado que cobraba 28.023 pesetas (unos 150 euros) de prestación por desempleo y fue contratado a finales de 1989 por el PSOE para trabajar en un despacho oficial de la Delegación del Gobierno en Andalucía en calidad de asistente de su hermano. Sin embargo, el despacho era utilizado para actividades diferentes a las asignadas. Por ello Juan Guerra fue acusado y juzgado por los delitos de cohecho, fraude fiscal, tráfico de influencias, prevaricación, malversación de fondos y usurpación de funciones. El caso Juan Guerra, conocido como el “hermanísimo”, fue conocido por mediación de su ex mujer Ángeles López Rubio, quien harta de las palizas de su marido (según consta en la denuncia que formuló contra él en comisaría) distribuyó documentación que comprometía a su marido hasta que ésta acabó en manos de Manuel Fraga, entonces líder de la oposición. Juan Guerra fue condenado en 1995 junto a su socio Juan José Arenas. El Tribunal Constitucional confirmó la sentencia en abril de 2001, ordenándose subastar dos pisos y un Mercedes propiedad de Juan Guerra para devolver a la Agencia Tributaria la cantidad adeudada dado que Juan Guerra se declaró en su día insolvente.^{[14] [15]}

El escándalo Juan Guerra provocó la dimisión del vicepresidente del gobierno Alfonso Guerra.^[16]