Otro suceso fue el arresto, el 10 de agosto de 1809, del presidente de la audiencia de Quito, el Conde Ruiz de Castilla y sus ministros fueron sustituidos por la junta suprema de gobierno integrada por la elite criolla quiteña. Otra de las causas fueron los motines de Cartagena, del 22 de mayo de 1810 y los del Socorro en el 9 de julio del mismo año.

En consecuencia se creó la junta de notables integrada por autoridades civiles e intelectuales criollos. Los principales personeros de la oligarquía criolla que conformaban la junta eran: José Miguel Pey, Camilo Torres, Acevedo Gómez, Joaquín Camacho, Jorge Tadeo Lozano, Antonio Morales, entre otros.

Comenzaron a realizar reuniones sucesivas en las casas de los integrantes y luego en el observatorio astronómico, cuyo director era Francisco José de Caldas. En estas reuniones empezaron a pensar en la táctica política que consistía en provocar una limitada y transitoria perturbación del orden público y así aprovechar para tomar el poder español.

La junta de notables propuso promover un incidente con los españoles, a fin de crear una situación conflictiva que diera salida al descontento potencial que existía en Santa fe contra la audiencia española. Lo importante era conseguir que el Virrey, presionado por la perturbación del orden, constituyera ese mismo día la Junta Suprema de Gobierno, presidida por el señor Amar e integrada por los Regidores del Cabildo de Santa fe.

Don Antonio Morales manifestó que el incidente podía provocarse con el comerciante peninsular don José González Llorente y se ofreció "gustoso" a intervenir en el altercado. Los notables criollos aceptaron la propuesta y decidieron ejecutar el proyecto el viernes, 20 de julio, fecha en que la Plaza Mayor estaría colmada de gente de todas las clases sociales, por ser el día habitual de mercado.

Para evitar la sospecha de provocación se convino que Don Luis Rubio fuera el día indicado a la tienda de Llorente a pedirle prestado un florero o cualquier clase de adorno que les sirviera para decorar la mesa del anunciado banquete a Villavicencio. En el caso de una negativa, los hermanos Morales procederían a agredir al español.

A fin de garantizar el éxito del plan, si Llorente entregaba el florero o se negaba de manera cortés, se acordó que don Francisco José de Caldas pasara a la misma hora por frente del almacén de Llorente y le saludara, lo cuál daría oportunidad a Morales para reprenderlo por dirigir la palabra a un "chapetón" enemigo de los americanos y dar así comienzo al incidente.

Llegó el día indicado - 20 de julio 1810

Eran las 11 de la mañana y la plaza mayor estaba colmada por una heterogénea concurrencia, compuesta de tratantes y vivanderos, indios de los resguardos de la sabana y gente de todas las clases sociales de la capital.

Poco antes de las doce del día, como estaba previsto, se presentó don Luis de Rubio en el almacén de Llorente y después de hablarle del anunciado banquete a Villavicencio, le pidió prestado el florero para adornar la mesa. Llorente se negó a facilitar el florero, pero su negativa no fue dada en términos despectivos o groseros. Se limitó a explicar diciendo que había prestado la pieza varias veces y ésta se estaba maltratando y por lo tanto, perdiendo su valor.

Entonces intervino Caldas, quien pasó por frente del almacén y saludó a Llorente, lo que permitió a don Antonio Morales, como estaba acordado, tomar la iniciativa y formular duras críticas hacia Llorente. Morales y sus compañeros comenzaron entonces a gritar que el comerciante español había dicho a Rubio malas palabras contra Villavicencio y los americanos, afirmación que Llorente negó categóricamente.

Mientras tanto los principales conjurados se dispersaron por la plaza gritando: ¡Están insultando a los americanos! ¡Queremos Junta! ¡Viva el Cabildo! ¡Abajo el mal gobierno! ¡Mueran los bonapartistas!. La ira se tomó el sentir del pueblo.

Indios, blancos, patricios, plebeyos, ricos y pobres empezaron a romper a pedradas las vidrieras y a forzar las puertas. El virrey don Antonio Amar y Borbón desde su palacio, observaba con alarma la situación que se escapaba de sus manos; la guardia que era por cierto muy escasa, estaba al mando de Baraya, quien rápidamente puso las tropas al servicio de la revolución, a tal punto que los cañones se enfilaron hacia el palacio del virrey.

El virrey muy asustado, aceptó reunir un cabildo extraordinario presidido por él, los oidores y los miembros del Cabildo de Santa Fe; al final de la tarde se impuso dicha reunión, se procedió a la elección de los vocales, de los voceros, que se fue haciendo por admiración; desde el balcón de la casa se iban proponiendo nombres de todos los próceres, y el pueblo los iba aclamando: Camilo Torres, Luis Caicedo y Flórez, Joaquín Gutiérrez, José Miguel Pey, Frutus Joaquín Gutiérrez, Sinforoso Mutis, Miguel Pombo, Luis Fernando Azuola Pedro Groot, Andrés Rosillo, Antonio y Francisco Morales, Antonio Baraya. Hacía las seis de la tarde, José Acevedo y Gómez lanza una arenga que le mereció el título de Tribuno del pueblo, invitando a la gente a que se mantuviera en pie, defendiendo lo que se estaba buscando.

La arenga, termina con unas palabras conocidas:

“Si perdéis estos momentos de efervescencia y calor, si dejáis escapar esta ocasión única y feliz, antes de 12 horas, seréis tratados como los insurgentes, ved los calabozos, los grillos y las cadenas que os esperan.”

Reunido el Cabildo, se procedió a elegir una Junta Suprema de Gobierno; la cual se encargaría del gobierno y se desconocía la autoridad del virrey.

Al día siguiente, el virrey fue puesto preso junto con la virreina, el pueblo se llevó al virrey a la gendarmería y a la virreina la llevaron en medio de insultos a la cárcel del divorcio, que era la cárcel de mujeres; eso no fue bien visto por los miembros de la Junta Suprema de Gobierno, consideraron que era una medida drástica, y por orden de Camilo Torres y de otros miembros de la Junta, fueron liberados y vueltos a palacio, pero ya estaban destituidos. El 15 de agosto son deportados primero a Cartagena y más tarde a España. Acabando así con el virreinato.

Una vez instalada la Junta Suprema, durante las horas finales de la tarde, la noche del 20 de julio y el amanecer del 21 de julio, se redactó el acta que se conoce con el nombre de Acta de Independencia .

En dicha acta, se hace mención entre otras cosas:

Se depositaba en la Junta Suprema el gobierno del reino, interinamente; mientras la misma Junta formaría la Constitución, que lograría afianzar la felicidad pública, contando con las nobles provincias a las que se les pedirán sus diputados, este cuerpo formará el reglamento para elegirlas; y tanto este reglamento, como la Constitución de Gobierno, deberá formarse sobre las bases de la libertad, e independencia, ligadas únicamente por un sistema federativo, cuya representación deberá residir en esta capital para que vele por la seguridad de la Nueva Granada.

Se le empieza a quitar la autoridad al virrey, y se le da a la Junta Suprema, que esta compuesta por criollos, mientras se establece una constitución. Se habla por primera vez de una constitución.

Se alcanza la felicidad pública.
Se involucra a todo el pueblo, con diputados representándolos.
Se considera por primera vez las elecciones.
Se dan las bases de la libertad y de federalismo.

En el acta se dice: “Que protesta no abdicar los derechos imprescriptibles de la soberanía del pueblo en otra persona que la de su augusto y desgraciado monarca don Fernando VII.” Pedían que el rey viniera a gobernar entre ellos, algo que de antemano se sabía no podía ser, puesto que estaba preso, y porque ni siquiera reinaba en España. Quedaba entonces, el gobierno sujeto a la Suprema Junta de Regencia existente en la península y sobre la Constitución que de al pueblo .

El nexo con la Junta de Regencia fue discutido, ahí se podía decir que no había un ánimo de independencia; se dieron cuenta que de un momento a otro, no podían romper los vínculos del pueblo con el monarca, considerado una víctima ante los ojos de la gente, por lo que había hecho el déspota Napoleón. El pobre Fernando VII vivía como un holgazán en su castillo, su padre y su madre en otro; Carlos IV padre designaba a su hijo Fernando VII, quien a su vez designaba a Napoleón, éste a un virrey, y por ello no se daba el gobierno; esta situación no era entendida por el pueblo.

El reconocimiento de la Junta de Regencia origina en el seno mismo de la Junta Suprema una división, denominada regentista y anteregentista; una corriente liberal que era partidaria de desconocer la Regencia, y el otro sector conservador de la Junta, que era partidario de mantener el título de la Regencia.

El acta del 20 de julio es realmente un Acta de Independencia, se reconoce a Fernando VII pero de manera teórica, porque en la práctica se da un gobierno, la voluntad de convocar un congreso, de hacer una constitución, de sentar una patria, y de una vez adoptar una forma federal.

Los acontecimientos continuaron en una forma precipitada, se sigue la propia dinámica de una revolución; don José María Carbonell y otros próceres muy exaltados, se mantenían durante esos días recorriendo las calles agitando las masas, para mantener viva esa llama. El 29 de julio la Junta Suprema convoca “El Congreso General del Reino”, que tendría la misión de darle al territorio emancipado su primera Constitución.