Perdida gran parte de esta obra, entre los escritos en prosa que se han conservado cabe señalar la carta Respuesta a sor Filotea de la Cruz, seudónimo de Manuel Fernández de la Cruz, obispo de Puebla. En 1690, éste había hecho publicar la Carta atenagórica, en la que sor Juana hacía una dura crítica al «sermón del Mandato» del jesuita portugués António Vieira sobre las «finezas de Cristo», acompañada de una «Carta de sor Filotea de la Cruz», en la que, aun reconociendo el talento de la autora, le recomendaba que se dedicara a la vida monástica, más acorde con su condición de monja y mujer, que a la reflexión teológica, ejercicio reservado a los hombres.

A pesar de la contundencia de su respuesta, en la que daba cuenta de su vida y reivindicaba el derecho de las mujeres al aprendizaje, pues el conocimiento «no sólo les es lícito, sino muy provechoso», la crítica del obispo la afectó profundamente, tanto, que poco después sor Juana Inés de la Cruz vendió su biblioteca y todo cuanto poseía, destinó lo obtenido a beneficencia y se consagró por completo a la vida religiosa.

Murió mientras ayudaba a sus compañeras enfermas durante la epidemia de cólera que asoló México en el año 1695. La poesía del Barroco alcanzó con ella su momento culminante, y al mismo tiempo introdujo elementos analíticos y reflexivos que anticipaban a los poetas de la Ilustración del siglo XVIII.

Sus obras completas se publicaron en España en tres volúmenes: Inundación castálida de la única poetisa, musa décima, sor Juana Inés de la Cruz (1689), Segundo volumen de las obras de sor Juana Inés de la Cruz (1692) y Fama y obras póstumas del Fénix de México (1700).

La obra de Sor Juana Inés de la Cruz

Aunque su obra parece inscribirse dentro del culteranismo de inspiración gongorina y del conceptismo, tendencias características del barroco, el ingenio y originalidad de Sor Juana Inés de la Cruz la han colocado por encima de cualquier escuela o corriente particular. Ya desde la infancia demostró gran sensibilidad artística y una infatigable sed de conocimientos que, con el tiempo, la llevaron a emprender una aventura intelectual y artística a través de disciplinas tales como la teología, la filosofía, la astronomía, la pintura, las humanidades y, por supuesto, la literatura, que la convertirían en una de las personalidades más complejas y singulares de las letras hispanoamericanas.

En la poesía de sor Juana hay numerosas y elocuentes composiciones profanas (redondillas, endechas, liras y sonetos), entre las que destacan las de tema amoroso, como los sonetos que comienzan con "Esta tarde, mi bien, cuando te hablaba..." y "Detente, sombra de mi bien esquivo...". También abunda en ella la temática mística, en la que una fervorosa espiritualidad se combina con la hondura de su pensamiento, tal como sucede en el caso de "A la asunción", delicada pieza lírica en honor a la Virgen María.

Firma autógrafa de Sor Juana

Mención aparte merece Primero sueño, poema de casi mil versos escritos a la manera gongorina en el que sor Juana describe, de forma simbólica, el impulso del conocimiento humano que rebasa las barreras físicas y temporales para convertirse en un ejercicio de puro y libre goce intelectual. El trabajo poético de la monja se completa con varios hermosos villancicos que en su época gozaron de mucha popularidad.

En el terreno de la dramaturgia escribió dieciocho loas, dos sainetes (la comedia de capa y espada Los empeños de una casa y el juguete mitológico-galante Amor es más laberinto), un sarao o fin de fiesta, así como tres autos sacramentales: El divino Narciso, San Hermenigildo y El cetro de San José. Aunque la influencia de Calderón resulta evidente en muchos de estos trabajos, la claridad y belleza del desarrollo posee un acento muy personal.

La prosa de la autora es menos abundante, pero de pareja brillantez. Esta parte de su obra se encuentra formada por textos devotos como la célebre Carta athenagórica (1690), y sobre todo por la Respuesta a Sor Filotea de la Cruz (1691), escrita para contestar a la exhortación que le hiciera firmando con ese seudónimo el obispo de Puebla para que frenara su desarrollo intelectual. Esta última constituye una fuente de primera mano que permite conocer no sólo detalles interesantes sobre su vida, sino que también revela aspectos de su perfil psicológico. En ese texto hay mucha información relacionada con su capacidad intelectual y con lo que el filósofo Ramón Xirau llamó su "excepcionalísima apetencia de saber", aspecto que la llevó a interesarse también por la ciencia, como lo prueba el hecho de que en su celda, junto con sus libros e instrumentos musicales, había también mapas y aparatos científicos.