Es curioso que siendo hija del rey Enrique IV, la mayor parte de su vida vivió custodiada por la nobleza, que tenía en ella un valioso rehén.

Juana e Isabel, sobrina y tía

La crítica histórica no ha podido todavía comprobar la verdad de una disposición testamentaria en la que Enrique IV declaraba a Juana su hija y heredera, pues son muchos los que creen que aquel monarca, dando una muestra más de su ordinaria imprevisión, murió sin dejar dispuesto nada.

Algún historiador supone que existía un testamento de Enrique favorable a su hija; que este testamento fue ocultado a la nación, y que Fernando el Católico lo destruyó después de la muerte de Isabel. Es evidente que si existió dicho documento, los adversarios de Juana procurarían ocultarlo, como cualquier otro que pudiera fortificar los derechos de aquella princesa.

Muerto Enrique IV el impotente, casi toda la nobleza apoyó la causa de Isabel, en otras palabras, la alianza de las coronas de Castillo y Aragón; pero algunas familias muy poderosas de Castilla abrazaron el partido de Juana.

Reina de Castilla y Portugal

Comprendiendo los defensores de Juana que sus fuerzas eran inferiores a las de Isabel, pidieron al portugués Alfonso V que defendiera el derecho de su sobrina, que lo era Juana, y le propusieron que se casara con ésta, con lo que vendría a ser también rey de Castilla.

Aceptó Alfonso, dirigió a Isabel y Fernando una manifestación, exigiéndoles que renunciaran a la corona en favor de Juana si querían evitar las consecuencias de la guerra. Se desposó ( 25 de mayo de 1475) con Juana, a la vez que dirigía mensajeros a Roma solicitando la dispensa del parentesco que entre ellos mediaba.

En seguida se proclamó a los desposados Reyes de Castilla, y se expidieron cartas a las ciudades, exponiendo el derecho de Juana y reclamando la fidelidad de éstos. Juana, en dichas cartas, expedidas por el secretario Juan González, asegura que Enrique IV en su lecho mortal declaró solemnemente que ella era su única hija y heredera legítima.

Juana trató de evitar la guerra civil, proponiendo que el voto nacional resolviera la cuestión del mejor derecho.

De nada sirvieron estos buenos deseos. Fernando e Isabel hicieron preparativos para rechazar por la fuerza al portugués.

En Toro tenía Juana su corte con gran magnificencia, y, al decir de sus parciales, desplegaba grandes cualidades de reina, aunque solo tuviera entonces trece años. Alfonso V, sin embargo, hubiera renunciado a sus pretensiones a la corona, recibiendo en cambio la provincia de Galicia, las ciudades de Zamora y Toro y una considerable suma de dinero; pero Isabel, que consentía en lo último, se negó a ceder un solo palmo de terreno.

Alfonso V recibió en Toro, cerca de Zamora, un refuerzo de 2.000 jinetes y 8.000 infantes, dirigidos por su hijo Juan. Se rindió a don Alfonso de Aragón, hermano de Fernando, el castillo de Burgos, no sin que antes tratase de socorrerle Alfonso V, que hubo de retroceder, obligado por Isabel; perdió el rey portugués la batalla de Toro.

La guerra duró hasta septiembre de 1479. Intentó el rey portugués neutralizar a los aragoneses en Castilla, abdicando las coronas portuguesas en su hijo.

Fue después de Alfonso V abandonar la hipótesis de esas alianzas que se empezaron a negociar dos convenios de paz entre Isabel I y Fernando V, y Alfonso V y su hijo heredero, ya regente de Portugal, por mediación de Beatriz, infanta de Portugal. Firmados por su intermedio dos convenios en la localidad portuguesa de Alcáçovas. En virtud de dicho tratado, dejó Alfonso V el título y las armas de rey de Castilla; renunció a la mano de su sobrina Juana; se obligó a no apoyar las pretensiones de ésta al trono de Castilla, y se dio a Juana un plazo de seis meses para que eligiese entre casarse con el infante Juan, hijo de Fernando e Isabel, luego que el infante llegase a una edad proporcionada, o retirarse a un convento y tomar el velo.

Bien conoció Juana que sus intereses habían sido sacrificados. Herida en su dignidad e intereses, se retiró inmediatamente al monasterio de Santa Clara de Coimbra donde pronunció sus votos al año siguiente.

Se dice (pero no está probado) que viudo de Isabel I en 1504, el Rey Católico propuso a Juana que se casara con él. Así esperaba Fernando resucitar los títulos de esta princesa a la sucesión de Enrique IV y quitar el reino de Castilla a Felipe de Austria, que gobernaba a nombre de Juana I. La Beltraneja no quiso aceptar como esposo al que en otro tiempo la había declarado hija adulterina de Juana de Portugal y Beltrán de la Cueva.

Sin embargo, la religiosa de Coimbra, salía con frecuencia del convento. Finalmente los reyes de Portugal le otorgaron morada en el castillo de san Jorge (Lisboa), y vivía con gran aparato, protegida por los reyes de Portugal, los cuales insinuaron más de una vez que podían dar nueva vida a los derechos de la infortunada princesa. Ésta, hasta el fin de sus días, firmó con las palabras Yo la reina. Poco antes de morirse, en el año 1530, testó sus derechos a la corona de Castilla a favor del rey Juan III de Portugal.

Sus restos mortales se hallan actualmente desaparecidos, (como consecuencia del terremoto de Lisboa) por lo que resulta imposible la realización de una muestra de su ADN para demostrar su ascendencia.