La nueva carrera de Mozart en Viena tuvo un buen comienzo. A menudo realizaba interpretaciones como pianista, y pronto se «consolidó como el mejor intérprete de teclado de Viena».

El 4 de agosto de 1782, sin el consentimiento paterno, Wolfgang Amadeus y Constanze Weber se casaron en Viena. El matrimonio tuvo 6 hijos, de los cuales sólo dos sobrevivieron, Karl Thomas y Franz Xaver Wolfgang.

En diciembre de 1784, Mozart se convirtió en francmasón y fue admitido por la logia Zur Wohltätigkeit. La francmasonería jugó un papel importante en el resto de la vida del compositor, ya que acudió a muchas reuniones, muchos de sus amigos eran masones y en varias ocasiones compuso música masónica.

En diciembre de 1787, Mozart finalmente obtuvo un puesto estable bajo el patrocinio aristocrático. El emperador José II lo designó como su «compositor de cámara».

El último año de vida de Mozart, 1791, fue, hasta su enfermedad final, un tiempo de gran productividad y, en cierto sentido, un tiempo de recuperación personal.

La salud del compositor empezó a declinar y su concentración disminuía. Mozart se sintió enfermo durante su estancia en Praga.  Al regresar a Viena, Mozart se puso a trabajar en el Requiem y preparó los ensayos de la ópera La flauta mágica. Ésta se estrenó con enorme éxito el 30 de septiembre, con el propio Mozart como director.

El 20 de noviembre la enfermedad se intensificó y cayó postrado en cama.

Mozart recibió los cuidados de su esposa Constanze.  Es un hecho probado que estaba mentalmente ocupado en la finalización de su Réquiem.

A las doce y cincuenta y cinco minutos de la madrugada, del día 5 de diciembre de 1791  Mozart falleció en Viena a la edad de 35 años, 10 meses y 8 días, y su funeral tuvo lugar en la Catedral de San San Esteban (donde anteriormente se había casado con Constanze). Fue amortajado según el ritual masónico (manto negro con capucha).

Mozart aparece hoy como uno de los más grandes genios musicales de la historia. Fue excelente pianista, organista, violinista y director y destacaba por sus improvisaciones, que solía realizar en sus conciertos y recitales.

Mozart fue un compositor versátil y compuso en cada género principal, incluyendo la sinfonía, la ópera, el concierto para solistas y la música de cámara.

Los rasgos centrales del estilo clásico están todos presentes en la música de Mozart. La claridad, el equilibrio y la transparencia son los sellos de su trabajo, pero cualquier noción simplista de su delicadeza enmascara el poder excepcional de sus obras maestras más finas, como el Concierto para piano nº 24, la Sinfonía nº 40 y la ópera Don Giovanni.

La obra de Mozart fue catalogada por Ludwig von Köchel, en un catálogo que comprende 626 opus, codificadas con un número del 1 al 626 precedido por el sufijo KV.

Con respecto a su producción operística, después de algunas obras «menores» llegaron sus grandes títulos a partir de 1781: Idomeneo rey de Creta; El rapto en el serrallo, la primera gran ópera cómica alemana; Las bodas de Fígaro, Don Giovanni y Cosi fan tutte (Así hacen todas), escritas las tres en italiano; La flauta mágica (1791), en la que se reflejan los ritos e ideales masónicos, y La clemencia de Tito.

La Misa de Réquiem, se trata de la decimonovena y última misa escrita por Mozart. Murió antes de terminarla. Fue su discípulo Süssmayer quien lo acabó (siguiendo las directrices de Mozart).