El Gobierno popular dio por sentado que ETA había sido la causante
 del sangriento atentado. Ni siquiera el comunicado enviado por Batasuna
 a las 12 del mediodía les hizo cambiar de opinión. A lo largo de toda 
la mañana personalidades del Gobierno como Ángel Acebes y José María 
Aznar nombrarían a la banda terrorista en sus respectivos comunicados. 
Otras personalidades como el por entonces líder de la oposición José 
Luis Rodríguez Zapatero y el Rey de España decidieron ser 
más cautos condenando el atentado pero sin mencionar la autoría del mismo.
Ese mismo día localizaron una 
furgoneta donde encontraron una 
cinta de audio con versículos del Corán
 y material explosivo que no concordaba con lo utilizado habitualmente 
por ETA. Además, la sede londinense de un periódico árabe recibió una 
carta en la que Al Qaeda reinvindicaba los atentados. Al día siguiente, ETA, a través de un informador anónimo, llamó a Gara y a Euskal Telebista asegurando que 
la organización terrorista 'no tiene ninguna responsabilidad' en el 11-M.Gracias a todos estos datos el Gobierno comenzó a mencionar la posibilidad del terrorismo islámico en sus comparecencias pero 
sin abandonar la hipótesis de ETA en ningún momento.
Esta manifestación, convocada por el gobierno, fue probablemente la 
protesta más multitudinaria de la historia de España. Durante esta manifestación se pudieron sentir las divergencias.
En 
Madrid, 2,3 millones de personas
 (La población era de 4 millones) se manifestaron en el centro al grito 
de 'todos íbamos en ese tren', 'no estamos todos: faltan 200', 'España 
unida jamás será vencida', 'ETA no!', 'Al-Qaeda no!' o 'Asesinos, 
asesinos'. Las 
infantas Elena y Cristina y el príncipe Felipe
 se sumaron a la manifestación siendo esta la primera vez que un miembro
 de la Familia Real lo hacía. También estuvieron presentes 
Rouco Varela, Romano Prodi, Silvio Berlusconi, José Manuel Durão Barroso y Jean-Pierre Raffarin.
A sólo dos días de las elecciones y con 
sospechas de que se había manipulado información,
 numerosos manifestantes exigían saber quién había sido el autor del 
atentado antes de votar. A gritos de '¿Quién ha sido?' o '¡El PP miente,
 queremos la verdad!' 
los manifestantes mostraron su indignación ante la supuesta ocultación de datos por parte del gobierno de José María Aznar.
Las encuestas que se realizaron una semana antes de los atentados daban como 
ganador al PP por una ajustada mayoría. La sombra del sangriento incidente fue un factor relevante para la 
victoria del PSOE en unas elecciones marcadas por la 
mayor participación en número de votantes de España (unos 25 millones). Otro efecto importante de estas elecciones fue la 
polarización del voto, acumulando los dos grandes partidos el 82% de los votos (PSOE, 10.909.687 y PP, 9.630.512).
La noche previa a la apertura de los colegios, miles de personas se 
concentraron en las sedes del PP para mostrar su 
descontento por la política informativa del Ministerio del Interior sobre la autoría de los atentados.
El 3 de abril de 2004, 
tres semanas después del 11-M, el seguimiento de las tarjetas prepago utilizadas por los terroristas condujo a los investigadores hasta un 
inmueble de la localidad madrileña de Leganés. Allí, al verse cercados, 
siete terroristas se inmolaron, causando la 
muerte a uno de los agentes del GEO que intervenía en el operativo.
Según el sumario del juez Del Olmo, 
los atentados fueron obra de los suicidas de Leganés: J
amal
 Ahmidan 'El Chino', Serhane ben Abdelmajid 'El Tunecino', Abdennabi 
Kounjaa, Asrih Rifaat, los hermanos Mohamed y Rachid Oulad y Allekema 
Lamari. De ellos, el juez atribuye el diseño y la ejecución a 
'El Chino' y 'El Tunecino'. El primero se hizo cargo de la logística y 
el segundo fue el ideólogo religioso.
La 
Comisión de investigación sobre los atentados del 11 de marzo
 se creó con el fin de esclarecer las circunstancias bajo las que se 
produjeron los atentados del 11 de marzo de Madrid y las actuaciones 
policiales y políticas anteriores y posteriores a los mismos.
En marzo de 2005, esta Comisión terminó su trabajo aprobando las 
recomendaciones que elevaría al gobierno sobre las 
medidas de seguridad
 a tomar para impedir otros atentados similares. Estas recomendaciones 
fueron apoyadas por todos los grupos parlamentarios excepto el Grupo 
Popular.
El Partido Popular solicitó nuevas comparecencias y la 
continuación de los trabajos de la Comisión, aunque ésta denegó ambas 
peticiones. El PSOE, en su documento de conclusiones, acusaba al 
anterior gobierno de una 
grave falta de previsión que hizo posible la comisión de los atentados. Además, concluyó que el PP había 
manipulado la información con un claro objetivo electoral.Las conclusiones de la Comisión determinan que 
el gobierno de José María Aznar no previno de forma adecuada la amenaza del terrorismo islamista radical y 
tergiversó los datos de la autoría del atentado insistiendo en hablar de ETA cuando la investigación policial se alejaba de esa hipótesis.
El juez de la Audiencia Nacional 
Juan del Olmoprocesó a 29 de las 116 personas que él mismo había imputado. El magistrado imputa los crímenes al 
terrorismo islamista, lo vincula a la 
participación española en la guerra de Irak y no menciona a ETA más que de pasada.
De los 29 procesados, el juez sólo consideró a dos, islamistas, autores materiales: 
Jamal Zougam, que proporcionó los teléfonos móviles utilizados para activar las bombas, y 
Abdelmajid Bouchar, 'el Gamo', el terrorista que el 3 de abril de 2004 se dio cuenta de la presencia de la policía en el piso de Leganés y huyó.
Procesó también como 
cooperador necesario en los atentados del 11 de marzo al e
xminero Emilio Suárez Trashorras, que proporcionó los explosivos a cambio de droga. Además de las víctimas de los trenes, se le imputaron un total de 
11 delitos, entre los que figuraban la muerte del GEO Francisco Javier Torronteras y los asesinatos frustrados de sus 18 compañeros.
El juicio por los atentados del 11 de marzo de 2004 se celebró 
entre el 15 de febrero de 2007 y el 2 de julio del mismo año, cuando quedó visto para sentencia. Hubo un total de 
57 sesiones, que se celebraron en un 
pabellón de la Audiencia Nacional en la Casa de Campo.
Los principales acusados del juicio fueron: 
Jamal
 Zougam, Abdelmajid Bouchar, José Emilio Suárez Trashorras, Rabei Osman 
Al Sayed 'El Egipcio', Hassan El Haski, Youssef Belhadj, Fouad El 
Morabit Amghar, Basel Ghalyoun, Mouhannad Almallah 'Dabas', Mohamed 
Larbi Ben Sellam y Mouhannad Almallah.
Después de 
cuatro meses y medio y 57 sesiones, el juicio por los atentados del 11 de marzo de 2004 quedó visto para sentencia el 
lunes 2 de julio de 2007 a las 22.37 horas.