Para prevenir futuros ataques de ángeles, la ONU estableció en Tokio-3 la organización NERV. Después de mucho tiempo, los ángeles han regresado, y las unidades Evangelion son el único medio para derrotarlos. Las unidades Evangelion sólo pueden ser pilotadas por chicos de 14 años especialmente seleccionados. Para ello, el dirigente de NERV, Gendo Ikari llama a Tokio-3 a su distanciado hijo Shinji para que pilote uno de los EVAs y elimine al Ángel Sachiel, el cual está atacando la ciudad.^[16] Aunque Shinji al principio se niega a cooperar, luego de ver la crueldad de su padre al querer enviar al combate a la malherida Rei Ayanami, acepta pilotarlo.^[16] El inexperto piloto pronto es dejado inconsciente, pero su Evangelion, la unidad 01, entra en el llamado modo berserker y, actuando por sí misma, acaba con el ángel.^[17