Normalmente los virus se esconden en archivos ejecutables, del tipo .exe o .com, pero pueden hacerlo en cualquier archivo que haya datos, siendo los más comunes:

.com
.exe
.sys
.bin
.pif

Son también muy frecuentes en archivos de documentos de oficina como Microsoft Word o Microsoft Excel, que son utilizados por millones de personas y permiten arrastrar códigos maliciosos cuando el documento es abierto. Esto hace que el virus intente inmediatamente infectar otros archivos.
Para que los virus se escondan, modifican las propiedades de los archivos donde se alojan. Las más comunes son:

El virus aumenta el tamaño del archivo

Cuando un virus infecta un archivo, normalmente necesita aumentar el tamaño del mismo, sin embargo los virus más recientes y sofisticados consiguen esconder estas propiedades del Sistema Operativo haciendo que pase desapercibido.

El virus borra la fuente

Un virus que tenga acceso a la memoria de una computadora puede borrar los archivos que utilizó para infectar los datos, porque luego pasa a la memoria, permitiendo infectar todos los archivos por donde vaya pasando.

El virus destruye y altera archivos

El virus puede alterar archivos, destruyendo información y haciéndolos ilegibles para el Sistema Operativo. Es uno de los efectos más comunes en virus de destrucción de datos personales.
Es frecuente que archivos .exe sean modificados en archivos .com para lograr separarse del programa original con mayor grado de destrucción.

Reiniciar la computadora

Otro de los efectos más frecuentes es afectar el buen funcionamiento de la computadora y del Sistema Operativo, impidiendo que encienda, o logrando la reiniciación frecuente.

Estas son sólo algunas de las formas que atacan los virus a los archivos en las computadoras, pero los efectos dependen sólo de la creatividad de los hackers.