La Unidad carcelaria 28 de Magdalena empezó en siendo un penal militar. Justamente, la prisión se construyó utilizando el edificio del antiguo Instituto Penal de las Fuerzas Armadas inaugurado en 1953. Recién en mayo de 1997 el Penal Militar fue cedido formalmente por el Ejército Argentino a la provincia de Buenos Aires. En junio del 66 la custodia había quedado en manos de la Policía bonaerense.

Ocho años antes, en 1988, Magdalena veía llegar al penal a Aldo Rico y a más de 250 de los suyos, protagonistas de sublevaciones militares carapintadas. También fue el lugar de detención del ex coronel Mohammed Alí Seineldín, quien fue condenado a reclusión perpetua por el alzamiento militar del 3 de diciembre de 1990, que dejó un saldo de 13 muertos.

Los pabellones levantados en ese predio de 210 hectáreas, rodeados de un doble alambrado, fueron también lugar de detención de los militares condenados por violaciones a los derechos humanos como Jorge Rafael Videla, Roberto Viola y Emilio Eduardo Massera, Armando Lambruschini y Orlando Ramón Agosti. Una de las personas que visitaba asiduamente el penal era Ana Hartridge de Videla, esposa del primer presidente tras el golpe de Estado de 1976. La mujer se había mudado especialmente a Magdalena para poder estar cerca de su esposo.

Pero no sólo hubo oficiales y suboficiales de las Fuerzas Armadas, hasta allí llegaban también para cumplir arresto soldados desertores del ya eliminado Servicio Militar Obligatorio.

Magdalena fue también un lugar de detención para el ex presidente Carlos Menem. En 1992, cuando dirigía los destinos del país, Menem organizó una cena en la Residencia de Olivos donde juntó a algunos de sus ex compañeros con los que compartió la prisión luego del golpe militar que derrocó al gobierno peronista en 1976. Uno de ellos fue el ya fallecido dirigente del sindicato petrolero Diego Ibañez.

En esa cena, Menem recordó al ex ministro Pedro Arrighi; el ex presidente provisional del Senado Raúl Lastiri y el ex dirigente de Luz y Fuerza, Adalberto Winner, compañeros de prisión.

El penal está ubicado sobre la ruta 11, en las afueras de la localidad de Magdalena, exactamente a siete kilómetros de la zona urbana. Luego de que pasara a la órbita provincial fue reacondicinado para funcionar como prisión para presos comunes. "La estructura edilicia era muy deficiente porque no era lo mismo alojar militares que presos comunes y de máxima seguridad. Los techos, que eran a dos aguas eran una constante provisión de hierro para armar facas. Por eso el cambio fue notorio", explicó Fernando Díaz, jefe del Servicio Penitenciario Bonaerense.

El 1º de abril de 1997 se inauguró la Unidad 28. Hasta el sábado alojaba a 1.028 presos. De todas formas, esa unidad forma un complejo con otras dos unidades penitenciarias (la 35 y la 36). A la Unidad 28, en el año 2000, se le sumaron cuatro módulos tipo barracas para alojar a 60 presos cada uno.

Esa unidad, donde ocurrió el motín, tiene dos regímenes, un sector de Modalidad Estricta y otro de Modalidad Atenuada, según la peligrosidad y conducta de los presos.

Hace tres meses se impulsó en la unidad 28 un cambio que había resultado exitoso en la cárcel de Olmos. Se designó un llamado "director religioso", un hombre con carrera penitenciaria y experiencia en el tema que además es pastor evangelista. Con esta medida se intentó bajar el nivel de los enfrentamientos internos.