Colón declaró la isla propiedad de España y la bautizó San Juan Bautista y la ciudad con el nombre de Puerto Rico, en 1521 se intercambiaron estos dos nombres. Debido en parte al entusiasmo del ambicioso Juan Ponce de León, un lugarteniente de Colón, la ciudad de Puerto Rico se convirtió rápidamente en el enclave militar español más importante del Caribe. Sin embargo no fue hasta 1508 que Juan Ponce de León llegó a la isla con 50 hombres para empezar su colonización. Los indígenas taínos, descendientes de los arahuacos, eran mansos y hospitalarios con los españoles hasta que comenzaron a sentirse explotados. Los indios fueron obligados a extraer oro de los ríos y a cultivar los terrenos que los españoles despojaron al igual que sus mujeres.

Por tal razón en 1511 se rebelaron, pero no pudieron derrotar a los españoles, porque estos poseían armas más avanzadas. Los taínos que sobrevivieron emigraron hacia otras islas del Caribe. Juan Ponce de León estableció la primera comunidad española en Puerto Rico, la cual se conoció con el nombre de Caparra. La misma estaba situada en un terreno pantanoso rodeado de colinas, localizado actualmente en el Municipio de Guaynabo. A Ponce de León le agradó el lugar y construyó en él una casa en mampostería para su familia. Sin embargo, el resto de los colonos no estaban de acuerdo y se quejaban de que la localización no era saludable por la gran cantidad de mosquitos y por encontrarse muy expuestos a los ataques de los indios caribes. En contra de los deseos de Ponce de León, los habitantes exigieron a la Corona española una autorización para trasladarse a la isleta de San Juan, llamada Puerto Rico por la buena bahía que poseía. El Rey Carlos I dio el permiso y el mismo año en que Juan Ponce de León salió hacia la Florida (1521) los colonizadores se trasladaron a la isleta.

En reconocimiento a Juan Ponce de León, por ser el primer gobernante de Puerto Rico, una vez ya establecidos en el nuevo poblado, los españoles le construyeron una residencia para él y su familia: "La Casa Blanca" la primera construida en mampostería en la isleta, y casa de refugio contra ataques, es hoy día un museo de arte y mobiliario de la época.

Luego del descubrimiento y colonización de la isla, España que entonces era la nación más poderosa de Europa, continuó forjando un rico y vasto imperio en el Nuevo Mundo.

Con la conquista de Méjico y Perú, el imperio español obtuvo grandes riquezas en oro, plata y piedras preciosas. Era su intención llevar tales riquezas a la Corona española, por lo que dos flotas de galeones armados salían de España anualmente en ruta hacía el Nuevo Mundo con el fin de recoger y transportar los tesoros obtenidos de vuelta a "puerto seguro": España. Los galeones eran el único modo de transportación y los vientos la única fuente de "combustible," por lo tanto favorecidas por los constantes vientos alisios que soplaban desde África hasta las islas del Caribe, las dos flotas españolas, una en su ruta hacia el puerto de Veracruz e islas Filipinas y la otra hacía Portobelo en Panamá, pasaban por las costas de Puerto Rico. Para estos galeones cargados con tesoros, el Mar Caribe era una ruta de vital importancia. España había reclamado el mar Caribe como territorio "exclusivo", lo que desencadenó constantes ataques de piratas y de potencias enemigas. Esta situación hizo que el cruzar dicha ruta se convirtiera en un reto peligroso. La estratégica localización de la isla, y la profundidad de la bahía de San Juan propiciaron que el Rey Felipe II ordenara la construcción de fortificaciones en torno a la isleta de San Juan. Esto convirtió a la antilla en la "llave de las indias" y puerta del imperio español en América. De este modo, Puerto Rico se convertía en un puerto seguro en el cual los barcos españoles podían protegerse de sus enemigos. Esta fue una de las razones por la cual la Corona española ve la necesidad de fortificar la ciudad de San Juan y convertirla conjuntamente con su puerto en una poderosa base naval que les permitiera controlar el acceso de las rutas hacia las Indias.

Los innumerables colonizadores, la mayoría de ellos buscadores de oro, no traían mujeres en sus buques. Para poblar la Isla, los españoles se mezclaron con las indias. A diferencia de otras partes del Caribe, el indio ha sobrevivido aquí junto al nombre que este le dio a la Isla. "Borinquen", el cual aún persiste. La cultura puertorriqueña se inspira en el vinculo formado por el indio y su Isla. Con la llegada de los esclavos de África, se añade otro elemento a la cultura. Esta histórica entremezcla se caracteriza por haber eliminado los problemas raciales en Puerto Rico.

Cuando el escaso oro de Puerto Rico se agotó, los isleños trataron de desarrollar una economía agrícola. La ganadería, la caña de azúcar, el tabaco y el café fueron los productos principales. Pero debido a los severos regímenes represivos por parte de España, el intento de hacer de la Isla una tierra dócil y rentable fracaso. Finalmente, España concedió a Puerto Rico su autonomía y los isleños celebraron la elección libre de su primer gobierno, pero algunos meses más tarde, la Isla fue invadida por el Ejercito Americano y mediante el tratado de Paris fue cedida a los Estados Unidos, dando fin a la Guerra Hispanoamericana de 1898.

Puerto Rico continua siendo territorio norteamericano. Los residentes se convirtieron en ciudadanos de EE.UU. en 1917 y en 1952 la Isla pasó voluntariamente a ser un Estado Libre Asociado de los Estados Unidos. En la Isla continua el debate sobre si Puerto Rico debe buscar la independencia, mantener su condición actual o convertirse en el estado numero 51 de los EE.UU.

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